"Hace 5 años, perdí 30,000 hombres en un momento y el mundo, no hizo nada".
El General Shepherd es el antagonista principal de Call of Duty: Modern Warfare 2 (2009). Es un alto mando del ejército estadounidense comandaba a los Rangers del ejército de EE.UU. y a la Task Force 141.
Durante los eventos de Call of Duty 4: Moderno Wafare, este perdió alrededor de 30,000 marines estadunidenses debido a una detonación nuclear, provocada por la OpFor, Sheperd era el encargado una operación con el objetivo de capturar a Kaleb Al-Asad, líder de la OpFor.
Este evento lo llena de odio y lo lleva a buscar una guerra que le permita fortalecer a EE.UU. y su propio legado.
Su primera acción fue la operación en el aeropuerto de Moscú: Shepherd ordena que el agente de la CIA Joseph Allen se infiltre en la célula terrorista de Vladimir Makarov. Sin embargo, Makarov ya sabía de la infiltración y mata a Allen, dejando su cadáver para que los rusos culpen a Estados Unidos. Esto desata la invasión rusa a EE.UU.
Tras descubrir los posibles escondites de Vladimir Makarov, Sheperd envía a Ghost y Roach a una misión en Rusia para recuperar información clave de Makarov. Cuando la logran, Shepherd y su fuerza militar privada (Shadow Company) los traicionan y los ejecutan, quemando sus cuerpos para eliminar pruebas, con el objetivo de quedar como un héroe nacional.
La Shadow Company intentan eliminar también a Price y Soap en el cementerio de aviones, pero estos sobreviven y persiguen a Sheperd hasta su base.
Soap y Price atacan el escondite de Shepherd. Tras una intensa persecución y combate,
Soap termina herido, en un intento de matar a Sheperd, este lo somete y le clava su cuchillo de combate en el pecho, luego, hace referencia a la perdida de sus 30,000 marines estadunidenses y le dice que el será el heroe y que el no vivirá para revelar la verdad.
Luego, el General intentar eliminar a Soap, de forma abrupta, el Capitán Price, lo golpea y comienza una fuerte pelea cuerpo a cuerpo, donde el general Sheperd obtiene la ventaja sobre Price, Soap, muy mal herido, en un intento de ayudar a Price, saca de su pecho el cuchillo y lo lanza hacia el general Sheperd, apuñalando en el ojo, terminando así la historia del General Sheperd.
Todo las acciones del general Sheperd provoca las siguientes consecuencias:
Guerra entre EE.UU. y Rusia: Shepherd logra su objetivo de desatar un conflicto global.
Destrucción de la Task Force 141: Tras su traición, la unidad es disuelta y perseguida.
Makarov sigue libre: Shepherd no elimina al verdadero enemigo, lo que lleva a los eventos de Modern Warfare 3.