这是续凯撒死后几百年发生的故事。在训鹰猩猩族里，三个年轻的猩猩（noa和他的朋友）去鹰窝去偷蛋。他们这个族从事孵蛋并训练他们培育出来的鹰。在经历惊险后，他们成功地每人都拿到一个蛋。
但是在他们回去的时候被一个人类跟踪。noa 的蛋被意外打破。这样让他只能决定自身再去偷蛋。但是，在他去的路上，他发现一群猩猩袭击者。他躲了起来。但是，他的座骑却暴露了noa 族人的生活地方。等noa 赶回去的时候，发现他的家园已经是一片火海。他的父亲被猩猩袭击者杀死，而noa 也在战斗中坠落地面。
Noa 第二天醒来的时候，他所有的族人已经被捉。他亲手安葬了自己的父亲，并跟父亲承诺说一定会带着族人回到家园的。
他在找寻族人的路上遇见年长的猩猩raka。他是凯撒的追随者。他跟noa 解释了凯撒的真正的理想是什么样的。他们发现他们被之前那个人类跟踪。原来该人类是饿了，所以跟着他们。raka 给她食物和毯子，并叫她为noa。
当他们三人一行路过一条河，看到了其他很多的人类。这些人类都不会说话。他们没有了说话的语言能力。这个世界现在是猩猩的世界。noa 跟raka 道别，准备独自去继续找寻他的族人。但是这时候他们又遭到猩猩袭击者的攻击，noa 救了那个人类女孩noa。她有着人类的智慧并且能说话。她跟noa 和raka 说她的名字叫mae。那些猩猩袭击者是把掠来的猩猩带到一个在海滩前的人类旧址。他们把掠来的猩猩当作劳工想要打开那个人类旧址，抢占人类留在里面的技术。
Noa 和mae 也被抓到那里，并且开始精彩的“英雄”反转的故事。noa 最后成功呼唤猎鹰逆转并实现自己给父亲的誓言，带领着族人回到自己的家园。人类和猩猩是否可以共处？这个影片留下不少空间给下一部电影去发挥…